Activités de recherche du laboratoire de Fougères

PROMETHEE est la plateforme de protéomique et métabolomique de l’ANSES. Elle est localisée au laboratoire de Fougères de l’ANSES. Sa mission est d’apporter une expertise et un soutien aux entités de l’Anses pour la réalisation de leurs projets. La plateforme a également une activité de recherche propre axée sur les développements techniques et méthodologiques visant à caractériser les modes d’action de contaminants biologiques et chimiques, leurs impacts sur la santé et leurs devenirs. La plateforme utilise pour cela un spectromètre de masse TimsTOF Pro2 couplé à une chaine nano-UHPLC nanoelute2 (Bruker). L’acquisition de cet instrument a été soutenue financièrement par l’ANSES, le Conseil régional de Bretagne et l'UE par le biais d'un financement FEDER.

Développement d’outils pour le suivi des espèces impliquées dans le syndrome de la ciguatéra en mer des Caraïbes

Financement : Agence Française de Développement

Ce projet permettra de développer, dans des pays de la mer des Caraïbes, des protocoles de suivi des espèces impliquées dans le syndrome de la ciguatera. Il s’appuiera sur le criblage environnemental par la qPCR (PCR quantitative) et l’évaluation de la toxicité des espèces de dinoflagéllés Gambierdiscus, Fukuyoa et Coolia présentes le long d’un gradient nord-sud de l’Amérique centrale et de l’arc Antillais. Le projet permettra aux participants des différents pays d’être formés pour acquérir des compétences sur la mise en culture, l’augmentation de biomasse et la préparation des échantillons pour l’analyse par qPCR afin de trouver les composés algaux à l’origine de la ciguatera dans les Caraïbes. Le laboratoire de Fougères réalisera des tests cellulaires (en particulier le test Neuro2A) pour évaluer la cytotoxicité d’extraits de dinoflagellés.

Financements : Thèse Anses-INRAE (BIOCARE) et ANR JCJC (Baobab)

Les projets Biocare et Baobab visent à obtenir une meilleure compréhension du rôle des biocides, qui sont appliqués quotidiennement pour garantir la sureté sanitaire de la chaine alimentaire, dans l’évolution de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries. La question de l’adaptation des flores microbiennes aux contraintes de de l’ensemble des facteurs environnementaux de l’industrie alimentaire constitue en effet une problématique majeure de santé publique, notamment en lien avec l’augmentation des phénomènes d’antibiorésistance. Le projet vise, dans un premier temps, à étudier l’émergence de variants résistants à des antibiotiques dans des biofilms soumis à des traitements biocides. Cette étude se fera à partir d’une collection de souches d’E. coli, isolées dans la chaine alimentaire dans le cadre des plans de surveillance annuels du Laboratoire national de référence « Résistance antimicrobienne » ces vingt dernières années. Ces variants seront ensuite caractérisés phénotypiquement (Concentration minimale inhibitrice selon les antibiotiques/biocides, taux de croissance, biofilms) et génotypiquement (génome entier (WGS), génomique comparative), afin d’identifier les marqueurs moléculaires sous-tendant cette adaptation. Les capacités de recolonisation des variants sur différents matériaux représentatifs de ceux utilisés sur la chaine alimentaire (inox, Polytétrafluoroéthylène, etc.), seront également investiguées, ainsi que leur survie au sein de consortiums bactériens de complexité croissante, intégrant des souches isolées en industrie alimentaire. Ces résultats permettront de mieux évaluer le risque lié à l’usage des biocides en lien avec l’antibiorésistance et sa dissémination, et d’identifier les déterminants génétiques impliqués dans ces processus adaptatifs.

Temperature-responsive nanogels for targeted delivery of micrornas in wound healing and tissue regeneration applications

Financement : programme Horizon 2020

L'objectif de ce projet est de développer un nanogel innovant, à base de nanoparticules d'oxyde de fer et micro-ARN ciblés, intégrés dans un polymère pour les traitements cutanés et la régénération tissulaire. L'oxyde de fer favorise l'induction de la fibrogenèse et les molécules de micro-ARN contribuent à la modulation de l'expression de gènes particuliers. Différents nanogels seront synthétisés. Leur toxicité et leur génotoxicité seront évaluées in vivo et in vitro.

Utiliser mieux et moins les produits de désinfection dans les filières avicole et piscicole

Financement : Compte d’affectation spéciale développement agricole et rural (Casdar)

L’objectif du projet est d’optimiser l’utilisation des biocides désinfectants tout au long de la chaîne de production des filières avicole (du couvoir à l’abattoir) et piscicole, de façon à préserver leur efficacité, et à réduire les pratiques d’utilisation à risque vis-à-vis de la santé des travailleurs, de la santé du consommateur et de l’écotoxicité.

L’unité AB2R, en collaboration avec le centre technique Actalia a en charge l’évaluation des pratiques optimisées et des méthodes complémentaires à l’utilisation de désinfectants chimiques (détergence enzymatique, flore de barrière), pour utiliser mieux et moins de biocides désinfectants. Cette action est ciblée sur les situations jugées parmi les plus préoccupantes, identifiées lors d’enquêtes réalisées au début du projet. Des tests d’efficacité de ces méthodes optimisées sont réalisés en conditions standardisées en laboratoire, par l’unité AB2R, sur les indicateurs bactériens les plus fréquemment rencontrés au niveau des différents maillons de la chaîne de production de chaque filière. Les méthodes les plus intéressantes seront ensuite testées en hall technologique par Actalia, dans des conditions les plus proches du terrain.

Science-based risk governance of nano-technology

Financement : Europe (H2020, NMBP13)

Riskgone vise à fournir des procédures solides pour une gestion cohérente des risques liés aux nanomatériaux manufacturés. Les partenaires du projet développent de nouveaux outils ou améliorent des outils existants pour identifier avec plus d’exactitude les impacts sur l'environnement et la santé humaine d'un certain nombre de nanomatériaux. Ces outils et les résultats des tests réalisés seront ensuite intégrés dans les travaux du Conseil européen de gouvernance des risques (ERGC), un groupe d’experts sur les nanomatériaux chargé de prendre des décisions de gouvernance sur la sécurité des matériaux spécifiques. Ceci permettra d’aborder la gouvernance de la sécurité des nanomatériaux d'une manière cohérente et scientifiquement robuste.
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Développement de biocapteurs électrochimiques et colorimétriques pour la détection des résidus de biocides désinfectants dans l’industrie laitière

Financement : Région Bretagne – Aide régionale stratégie d'attractivité durable

Les biocapteurs optiques sont utilisés pour la détection d’une grande diversité de contaminants alimentaires, car ils présentent les meilleures caractéristiques (sensibilité, rapidité, coût bas, haut débit) pour une utilisation sur le terrain. Déjà évalués dans le cadre des missions de référence du laboratoire pour la détection des résidus d’antibiotiques, ils pourraient être une alternative prometteuse pour la détection de résidus de biocides. Cette détection pourrait se faire à partir des liquides de rinçage, suite aux opérations de nettoyage et de désinfection des surfaces en contact avec les aliments. Le projet Capbiola est financé par la Région Bretagne dans le cadre d’un appel Stratégie d’attractivité durable (SAD), pour recruter un post-doctorant pendant 18 mois. Il portera sur le développement, l’optimisation, l’évaluation et la validation de biocapteurs optiques (colorimétriques et fluorimétriques) et électrochimiques, pour la détection de composés de la famille des ammoniums quaternaires et des amines dans l’industrie laitière. En plus de l’expertise de l’unité dans la détection des résidus d’antibiotiques et médicaments vétérinaires, en particulier dans le lait, le projet s’appuiera sur les compétences scientifiques et techniques d’un laboratoire de l’université de Perpignan (Biocapteurs – analyses - environnement (BAE)).

Quaternary ammonium compounds bowel intestinal microbiotal

Financement : programme national de recherche environnement-santé-travail

Étude exploratoire préliminaire de l'impact des ammoniums quaternaires sur la perméabilité et le microbiote, conséquences pour les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin. Pour la première fois, l'interaction entre l'exposition à de faibles concentrations de biocides désinfectants, le microbiote intestinal et la barrière intestinale vont être étudiés afin d'élargir les connaissances sur les maladies inflammatoires chroniques en utilisant une approche interdisciplinaire holistique. Ce projet est coordonné par l’unité infinite (Inserm- université de Lille - CHU Lille) et associe trois unités du laboratoire de Fougères (ARC, EMAD AB2R).

Matériaux innovants incluant des ions argent pour garantir une meilleure sécurité sanitaire des produits de l’aquaculture

Financement : Fonds européen pour les affaires maritimes et la pêche (FEAMP)

Le projet Silverprotect est piloté par l’unité Bactériologie et parasitologie des produits de la pêche et de l'aquaculture (B3PA) du laboratoire de l’anses de sécurité des aliments. Il a pour but d’adopter un positionnement innovant, en se concentrant sur la prévention de la formation de biofilms et en agissant en amont. Il propose d'utiliser des revêtements de surfaces polymères (caisses de transport, tapis de convoyeurs, murs, plafonds, etc.) incluant comme agents antibactériens les ions argent, en complément des opérations de nettoyage et désinfection. Les performances techniques et hygiéniques de ces matériaux antimicrobiens sont évaluées en collaboration avec le consortium PureZone, l’IUT de St Brieuc, le Centre technique d'expertise agroalimentaire de St Lô et des industries de la filière. Ce projet permettra à la filière française d’être compétitive et également de l’accompagner dans la réduction de son empreinte écologique et la maîtrise de la sécurité sanitaire des aliments. L’Unité AB2R est impliquée dans l’étude en laboratoire de l’effet synergique ou antagoniste des ions argent des matériaux antibactériens avec les biocides utilisés dans les procédures d’hygiène. Cette étude comporte un deuxième volet : l’évaluation de l’adaptation et la résistance des bactéries suite à leur exposition aux produits antimicrobiens.

Approche combinée phénotypique et génomique pour une meilleure connaissance de la persistance de Listeria monocytogenes en aquaculture

Financement : Fonds européen pour les affaires maritimes et la pêche (FEAMP)

Ce projet s’inscrit dans un contexte d’augmentation globale du nombre de cas de listérioses depuis plusieurs années en Europe mais aussi dans le monde. Récemment plusieurs foyers épidémiques de Listeria monocytogenes (Lm), incriminant le saumon fumé ou mariné, ont été détectés, ce qui renforce la position de cette bactérie pathogène au centre des enjeux pour les filières de transformation des produits de l’aquaculture. Plusieurs campagnes ont permis de mettre en évidence que L. monocytogenes peut ainsi persister dans des entreprises de cuisson de crustacés cuits et chez les producteurs de saumon fumé pendant de longues périodes. Les aliments peuvent alors être contaminés pendant leur production, notamment lors du procédé de transformation des produits. D’autres travaux ont permis de mettre en lumière la présence de souches pathogènes sous forme viable non cultivable sur les surfaces, ce qui rend difficile leur détection et la validation de l’efficacité réelle des procédures de nettoyage et désinfection. Les principaux objectifs sont la caractérisation génomique (typage – WGS) des isolats persistants de Lm dans les filières crevettes et crustacés cuits et saumon / truites fumés et l’identification des caractéristiques microbiologiques des isolats persistants, qui expliqueraient leur capacité accrue à survivre dans l’environnement. Cette caractérisation combinera les approches génomique et phénotypique. L’unité AB2R est plus particulièrement impliquée dans la caractérisation phénotypique, avec l’identification de méthodes de décontamination efficaces contre les souches persistantes dans des conditions proches de la réalité industrielle.

Contamination alimentaire par des antibiotiques 

Financement : région Bretagne et l’ANSES

La contamination croisée des aliments pour animaux par les antibiotiques, résultant de l’utilisation de lignes de production communes à tous les types d’aliments, y compris les aliments médicamenteux, est une réalité mise en évidence par des plans de surveillance réalisés en 2017 et 2018 dans les élevages en France. Une thèse est menée pour évaluer les risques de transfert de résidus aux aliments pour animaux ainsi que d’émergence de résistance dans le microbiote des porcs soumis à une alimentation contaminée par les antibiotiques retrouvés le plus fréquemment lors des plans de surveillance. Ces résultats permettront de générer des données utiles à l’EFSA (Autorité européenne de sécurité des aliments), pour compléter son évaluation de risques et le calcul des niveaux maximum de contamination croisée liée à l’utilisation d’aliments médicamenteux.

Use of New Approach Methodologies for the hazard assessment of nanofibers. Lot 1: nanocellulose oral exposure: gastrointestinal digestion, nanofibers uptake and local effects

Financement : Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA)

Le projet vise à concevoir et à réaliser une série d'études basées sur de nouvelles approches méthodologiques pour combler le manque de données sur les dangers représentés par la nanocellulose (NC), un nanomatériau qui entre notamment dans la composition de nouveaux aliments et de compléments alimentaires. Ces résultats pourront être inclus dans l'évaluation réglementaire des dangers de la nanocellulose pour les consommateurs exposés via les aliments. Une première étape consistera en une batterie de tests in vitro pour mieux comprendre le danger et le mode d'action de la NC sur les cellules et évaluer si une relation entre la toxicité et les caractéristiques physicochimiques peut être établie. Les résultats de cette première étape seront utilisés pour sélectionner deux ou trois matériaux qui feront l'objet d'une étude plus approfondie. Celle-ci se concentrera sur la digestion ou la dégradation des NC par le microbiote humain, l'évaluation de leur absorption et du franchissement potentiel de la barrière intestinale ainsi que les effets locaux, y compris l'inflammation et la génotoxicité, des NC sur l'épithélium intestinal.

Le matériau présentant le plus d'effets indésirables ou dont les propriétés physicochimiques sont susceptibles d'être associées à un danger accru sera soumis à des essais de niveau 3, qui évalueront la toxicité de doses répétées. Un protocole de dispersion approprié sera mis au point et une caractérisation physico-chimique approfondie du matériau sera réalisée ainsi qu’une visualisation par microscopie électronique en transmission de la NC in situ, c'est-à-dire dans des cellules et dans des échantillons de côlon.

Plateforme de toxicologie génétique à haut débit utilisant un modèle 3D de cellules hépatiques humaines heparg pour le criblage des composés génotoxiques

Financement : région Bretagne

Actuellement, l’évaluation de la toxicité des composés chimiques repose encore en grande partie sur des études menées chez l’animal, où les effets délétères observés à fortes doses sont extrapolés aux faibles doses chez l’homme. Ces approches sont très coûteuses en temps et en argent, utilisent un grand nombre d’animaux et fournissent des données de toxicité peu robustes, qui ne sont que partiellement extrapolables à l’Homme. De plus, elles ne sont pas adaptées à l’évaluation des milliers de substances auxquelles l’Homme est aujourd’hui exposé. La toxicologie est donc face à double défi de développer des modèles in vitro qui soient d’une part le plus prédictif possible de la toxicité chez l’homme et d’autre part adaptés au screening à haut-débit.

Le projet PlaTox3D poursuit l’avancée des précédents travaux du laboratoire, en proposant de mettre en place une plateforme de toxicologie génétique à haut-débit sur les cellules HepaRG, une lignée de cellules hépatiques, cultivées en 3D. À l’aide d’un outil d’imagerie cellulaire High Content Screening, il est envisagé de réaliser une analyse à haut-débit des dommages à l’ADN à l’aide du système CometChip, développé par l’entreprise Trévigen, particulièrement bien adapté aux sphéroïdes. À terme, il s’agira de valider l’utilisation de cette plateforme de toxicologie génétique sur le modèle de sphéroïdes HepaRG en étudiant une liste composés d’intérêt (à la fois négatifs et positifs) afin d’évaluer la sensibilité, la spécificité et la prédictivité de la méthode utilisée. Cette plateforme pourra être utilisée avec d’autres types cellulaires provenant d’organes différents comme le rein, le cerveau ou le tractus digestif, afin d’étudier la toxicité organo-spécifique, à la fois à l’aide de modèles 3D ou de modèles 2D classiques.

Une stratégie intégrative des systèmes de test pour l'identification des perturbateurs endocriniens liés aux troubles métaboliques

Financement : Europe (H2020, BHC 27)

Oberon a pour objectif de développer de nouvelles stratégies d’identification des perturbateurs endocriniens par le développement, l’amélioration et la validation de tests de dépistage. Afin d’améliorer la compréhension de la biologie complexe de ce type de dangers et de prédire leurs effets chez l’être humain, le projet combinera dans un cadre intégratif différents systèmes de tests et de méthodes expérimentales (in vitro sur des cellules et tissus humains, et in vivo sur des poissons zèbres) avec des méthodes de métabolomique, lipidomique et transcriptomique et de modélisation informatique (in silico et biologie des sytèmes). Ce projet interdisciplinaire a pour objectif de mieux évaluer les perturbateurs endocriniens sur la base d’approches mécanistiques de la toxicité et fournira des méthodes alternatives validées pour l’évaluation de risque, en travaillant avec les agences réglementaires nationales et européennes.

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Prévention et atténuation de la contamination de l’alimentation humaine et animale par les mycotoxines causées par les changements climatiques

Financement : Europe (Interreg Atlantic Area)

L'objectif principal du projet Agritox est de fournir aux industries en charge de l'alimentation humaine et animale des pays européens de la façade atlantique des informations et des solutions techniques pour éviter la contamination par les mycotoxines. Ce problème est en augmentation sous l'influence du changement climatique.  Par le biais de la diffusion des informations et de la formation, les partenaires du projet s'engagent avec les parties prenantes à promouvoir la sensibilisation aux mycotoxines, à aider à identifier les méthodes de détection des mycotoxines existantes et à faciliter le transfert technologique. Le projet identifiera les risques liés aux mycotoxines pour l'alimentation humaine et animale et développera une base de données de référence complète sur les mycotoxines, qui fournira aux parties prenantes de l'espace Atlantique des informations sur ses occurrences ainsi qu’un soutien technique. Le projet Agritox mettra également en place un système d'alerte aux mycotoxines peu coûteux et facile à utiliser, qui sera expérimenté pour différents secteurs de l'alimentation humaine et animale et pour différentes étapes du cycle de production.

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Indicateurs des risques infectieux des eaux de baignades

Financement : Consortium pour la recherche, l’enseignement supérieur et l’innovation en Nouvelle-Calédonie (Cresica)

Les services sanitaires des trois Provinces de Nouvelle-Calédonie sont régulièrement confrontés à des plaintes des baigneurs et des usagers du littoral (odeurs nauséabondes, maux de tête et de gorge, nausées et brûlures cutanées et ophtalmiques) lorsque l’eau de mer se colore en vert, rose ou marron. Cependant, les effets observés ne sont pas systématiques, et parfois certains effets, comme des dermatoses, sont signalés, sans que l’eau de mer soit colorée. Pour protéger la population, les autorités ferment l’accès aux plages, sans savoir exactement quand celles-ci peuvent être rouvertes. Par ailleurs ils n’ont pas à leur disposition d’indicateurs de risque infectieux pour protéger la population lorsque les eaux ne sont pas colorées.

Le projet vise à définir ces indicateurs. Des échantillons de phytoplancton seront prélevés sur différents endroits et différentes périodes de l’année. Pour connaitre le niveau de toxicité des échantillons, des tests sur cellules de mammifère en culture seront réalisés au sein du laboratoire de Fougères.

Financement : Commission européenne

Dans le cadre de ses missions de référence, le laboratoire a réalisé l’évaluation et la validation des performances techniques de plusieurs kits ELISA (Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay). Trois des quatre kits testés pour la détection des résidus de métabolites des nitrofuranes (des substances interdites) dans des produits aquacoles (crevette, poisson) montrent des capacités de détection inférieures aux exigences réglementaires européennes actuelles (1 µg/kg) et environ 10 % de résultats faussement positifs. Pour la colistine, antibiotique essentiellement utilisé chez le porc et la volaille pour traiter des infections gastro-intestinales et classée dans la liste des antibiotiques à usage humain d’importance critique à priorité élevée en terme d’antibiorésistance par l’Organisation mondiale de la santé. Trois kits ont été évalués et validés. Ils sont tous très spécifiques (aucun faux-positif) pour la détection de la colistine dans le muscle de porc et de volaille. En revanche, un seul des kits présente une capacité de détection vraiment satisfaisante (30 µg/kg) par rapport à la limite maximale de résidus (150 µg/kg). Ces résultats ont été valorisés par des publications dans des journaux européens à comité de lecture

Pré-validation des méthodes de caractérisation des perturbateurs endocriniens

Financement : plateforme Pepper

L’Anses participe à la pré-validation de deux tests visant à détecter des substances présentant des propriétés de perturbation endocrinienne : le test hPlacenTox PE et le test LC-MS/MS based profiling of the H295R steroidogenesis assay. Ces deux tests ont été sélectionnés par le comité sur l’opportunité de la plateforme Pepper, rassemblant des partenaires privés et publics pour mener des recherches dans le domaine des perturbateurs endocriniens. Le projet consistera dans une première phase à vérifier les conditions de transférabilité de la méthode vers des laboratoires, puis à la tester sur des substances tests.

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Méthodologies PB/PK permettant de prédire les concentrations tissulaires d’antibiotiques à l’état de traces dans le lait, chez plusieurs espèces (vache, brebis et chèvre) et avec plusieurs antibiotiques

Financement : Région Nouvelle-Aquitaine et Anses 

Ce projet concerne l’évaluation des résidus d’antibiotiques dans le lait. La présence de résidus favorise l’émergence et le développement de bactéries résistantes. Mais les études se heurtent à diverses difficultés, en particulier analytiques. Elles sont longues, complexes et onéreuses. Elles pourraient bénéficier des progrès récents en modélisation pharmacocinétique-physiologiques (PB/PK). Ce projet, en collaboration interne avec le laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort et externe (Inserm, l’Université de Poitiers, la société Ceva Santé animale, les lycées agricoles de Melle et Venours), a été réalisé sur trois espèces animales productrices de lait. Les analyses des teneurs dans le lait sont en cours de réalisation.

Étude pilote sur de nouvelles approches méthodologiques pour l’évaluation du risque du Tebufenpyrad Partie 1 : Développement d’un modèle cinétique basé sur la physiologie, couplée à une exposition pulmonaire et topique.

Financement : Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA)

Le projet vise à estimer le devenir de la substance active Tebufenpyrad, utilisée comme pesticide, dans l’organisme humain et son implication dans le développement de la maladie de Parkinson. La partie 1 du projet a pour objectif d’estimer la concentration dite interne au niveau de différents compartiments de l’organisme humain. Cette partie est complémentaire de la partie 2, qui étudie les effets toxiques sur la mitochondrie. Les deux parties combinées permettront in fine de se prononcer sur le risque d’inhibition du complexe I de la chaîne respiratoire et la survenue de syndrome parkinsonien associée à cette inhibition.

Contrat de plan État-région - Infetio

Financement : Fonds européen de développement régional
Partenaires : Université de Rennes 1 et laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort de l’Anses

Le projet CPER-infectio-1 a permis l’acquisition d’équipements spécifiques et une meilleure structuration entre les partenaires du projet. Il a enrichi les activités du laboratoire de Fougères, notamment sur la relation hôte/pathogène et l’étude de l’exposome interne et externe. En effet, les financements ont augmenté la capacité du laboratoire à effectuer des analyses biologiques et à évaluer les effets des contaminants chimiques.

Les équipements acquis ont permis de dynamiser et de nourrir les sujets de recherche de l’Anses et de la communauté d’infectiologues en région Bretagne. Il s’agit de :

• un ensemenceur automatique spiral, qui permet de réaliser le dénombrement des bactéries dans un échantillon en faisant moins de dilutions intermédiaires ;

• un cytomètre de flux pour un comptage des cellules ;

• un microscope à platine automatisé, pour la lecture de tissus colorés sur des lames. Ce système exploite la fluorescence et est capable d’effectuer les mesures automatiquement une intervention réduite du manipulateur.

Surveillance des risques d'intoxications alimentaires liés à l’utilisation des bio-insecticides à base de Bt

Fianancement : Anses

Bacillus thuringiensis (Bt) est à la première place du marché mondial des bio-insecticides microbiens et les populations peuvent être exposées via l’alimentation. Or, elle appartient au groupe de bactéries Bacillus cereus, auquel sont imputées de nombreuses toxi-infections alimentaires collectives chez l’homme. Le but de ce projet est de générer une meilleure connaissance du risque associé à l’utilisation des bio-insecticides à base de Bacillus thuringiensis.

Contamination des plumes et des produits dérivés par les résidus antibiotiques en élevage avicole : caractérisation des niveaux d’exposition et risques induits pour la chaine alimentaire et l’environnement

Financement : Plan Ecoantibio

Le projet ECOPLUME a pour objectif d'étudier la contamination des plumes et des produits dérivés par les résidus antibiotiques en élevage avicole. Ce projet vise ainsi à évaluer l'occurrence des résidus antibiotiques dans les plumes issues d'animaux d'élevage et d'évaluer les niveaux d'exposition via la réutilisation des plumes. Aussi, les plumes de volailles en élevage traitées aux antibiotiques pouvant être souillées par les matières fécales contenant des bactéries résistantes aux antibiotiques, l'étude de l'évolution du pourcentage de bactéries résistantes dans les fientes et les plumes de poulets après un traitement par des antibiotiques permettra d'évaluer l'impact de l'utilisation des plumes en alimentation des poissons d'élevage et en tant qu'engrais sur la diffusion de l'antibiorésistance dans l'environnement.

Évaluation quantitative de la variabilité d’excrétion des salmonelles, et impact de l’utilisation de biocides sur le développement de résistance aux antibiotiques après nettoyage/désinfection, en élevage de porcs

Financement : Anses

Le projet a été initié pour répondre à deux préoccupations de la filière porcine : la résistance des bactéries aux antibiotiques et la sécurité sanitaire. Ce projet, coordonné par l’unité Antibiotiques, biocides, résidus et résistance (AB2R) a associé le laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort (HQPAP, EPISABE) et la Direction de l’évaluation des produits réglementés de l’Anses (U2EB). Les résultats du projet ont montré que les produits biocides à base d’ammoniums quaternaires et de glutaraldéhyde appliqués lors des opérations de nettoyage et de désinfection sont efficaces pour réduire d’environ 1 000 fois la quantité d’E. coli et la flore totale. L’exposition à ces biocides n’a pas conduit à un développement de résistance chez E. coli vis-à-vis de quatre antibiotiques ciblés ni des substances biocides, représentatives des principales familles chimiques employées dans ce secteur. Le niveau d’excrétion de Salmonella par les porcs charcutiers était relativement faible avec deux-tiers des prélèvements présentant moins de dix Salmonella par gramme de fèces.

Improving phenotypic antimicrobial resistance testing 

Financement : programme européen EJP One Health

Dans le cadre du projet Impart, l’unité AB2R était chargée, dans le workpackage 1, de développer, d’améliorer et de valider une méthode de screening pour la détection, la caractérisation et la confirmation de la résistance à la colistine d’entérobactéries prélevées sur des animaux en élevage et leur viande à la distribution. L’unité a organisé plusieurs essais circulaires, auxquels ont participé les 11 partenaires européens du projet, pour évaluer la méthode développée et celle proposée dans le cadre du second workpackage, pour la détection des entérobactéries productrices de carbapénémases. L’analyse des résultats montre que des essais complémentaires sont nécessaires pour améliorer les performances des méthodes. Les rapports et présentations de ces travaux sont disponibles sur le site de l’EJP One Health et sur la plateforme Zenodo.

Adaptative traits of Listeria monocytogenes (Lm) to its diverse ecological niches

Financement : programme européen EJP One Health

Listeria monocytogenes (Lm), qui est à l'origine de la listériose, est, avec Salmonella et Escherichia coli productrice de shigatoxines (STEC), le principal agent causal des infections d'origine alimentaire dans Union européenne, en termes de gravité de la maladie et de taux de mortalité (EFSA-ECDC, 2015). Cependant, l'écologie de Lm est encore mal comprise et la capacité de certaines souches à s'adapter aux conditions environnementales rencontrées dans l'industrie alimentaire fait de la production d'aliments sûrs et de haute qualité un défi majeur. Le projet Listadapt visait à décrypter les mécanismes moléculaires de l'adaptation de Lm à ses différentes niches écologiques, en comparant les données génotypiques et phénotypiques d'un ensemble large et équilibré de souches issues de l'environnement, des animaux, des aliments et des cas cliniques dans plusieurs pays européens. Une technologie de pointe basée sur le séquençage du génome entier (WGS) a été utilisée pour identifier de nouveaux facteurs clés sous-tendant l'adaptation de Lm à différents environnements et permettant d’apporter de nouvelles informations sur les marqueurs utiles pour la détection de Listeria monocytogenes.

Les rapports et présentations de ces travaux sont disponibles sur le site de l’EJP One Health 

Financement : Agence nationale pour la recherche (ANR)

Le projet ANR Ocean15, regroupant quatre partenaires et coordonné par l’université de Galway (Irlande), a duré cinq ans. Il s’est attaché à mieux cerner le comportement d’une microalgue toxique, Ostreopsis cf ovata, retrouvée en Méditerranée.  Il a également identifié les composés produits et leur implication dans les effets toxiques observés chez l’Homme. En effet, Ostreopsis sécrète des toxines appelées ovatoxines, qui sont des analogues d’une toxine bien connue, la palytoxine. Des effets cutanés, oculaires et au niveau de l’oreille du nez et du larynx ont été rapportés chez l’Homme en lien avec des efflorescences d’Ostreopsis. Même si ces toxines sont également retrouvées dans certains produits de la mer, aucune intoxication humaine associée à leur consommation n’a été rapportée. Le projet a permis de purifier deux variants (ovatoxines a et d) à partir de cultures d’Ostreopsis. Leur toxicité a été recherchée sur différents modèles cellulaires par le laboratoire de Fougères. Les deux ovatoxines se sont révélées toxiques sur des cellules du système nerveux, ainsi que sur des cellules pulmonaires, sans différence notable entre les variants, et à des niveaux équivalents à la palytoxine. Cependant, sur des cultures humaines mimant la barrière intestinale, les deux toxines se sont montrées moins toxiques que la palytoxine.