Le laboratoire de Lyon porte les mandats de référence suivants :

• laboratoire national de référence pour les encéphalopathies spongiformes transmissibles (EST) animales (encéphalopathie spongiforme bovine [ESB] et tremblante). Son rôle est de :
  • développer, optimiser, valider et mettre en œuvre des techniques de référence pour les confirmations des diagnostics de première intention et pour le typage moléculaire des prions impliqués dans ces maladies ;
  • conduire une activité de recherche sur cette thématique ;
  • animer le réseau de laboratoires agréés pour le diagnostic des EST animales ;
  • organiser les campagnes d’essai interlaboratoires d’aptitude ;
  • conserver du matériel de référence des EST et le mettre à disposition des laboratoires agréés ;
  • répondre aux demandes d’appui scientifique et technique, notamment en cas de réaffectation de locaux EST des laboratoires agréés (mesures de biosécuruté suite à un arrêt d’activité ou co-activité) ;
  • assurer le contrôle de lot pour l’un des tests de dépistage, pour le compte du laboratoire référence EST de l’Union européenne.
• Laboratoire de référence sans mandat pour la péripneumonie contagieuse bovine (PPCB) et la pleuropneumonie contagieuse caprine (PPCC). Ses activités sont essentiellement au niveau national, il peut également recevoir des demandes de partenaires européens ;
• Laboratoire de référence sans mandat pour la résistance aux pesticides.
  Dans ce cadre, le laboratoire est impliqué dans les plans de surveillance annuels « Résistances » du ministère en charge de l’agriculture, qui étudient et surveillent la résistance des bio-agresseurs des végétaux aux produits phytosanitaires ;
• coordination du mandat de centre de référence de la FAO (Organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture) pour l’antibiorésistance. Ce centre de référence a pour but de soutenir la FAO dans la déclinaison de son programme de lutte contre l’antibiorésistance au plan mondial.